O Instituto Europeu, de acordo com os seus fins estatutários, desenvolve diversas missões, nomeadamente:
- Realização de Cursos pós-graduação de especialização em Estudos Europeus, de duração anual;
- Apoio às Cátedras Europeias e ao Pólo Europeu conferidos à Faculdade de Direito da Universidade de Lisboa ao abrigo do programa Jean Monnet;
- Apoio à investigação e ao ensino, no acompanhamento e na dinamização de diversos projetos de investigação de académicos e investigadores, quer nacionais, quer estrangeiros, no domínio da integração europeia;
- Organização de seminários e conferências sobre matérias jurídicas, económicas e políticas da integração europeia;
- Edição de livros sobre matérias europeias;
- Cooperação com a ECSA-Europa, Associação de Estudos da Comunidade Europeia e a sua afiliada portuguesa, a AREP – Associação Interuniversitária de Estudos Europeus, e as associações homólogas dos outros países membros, e com a ECSA-Brasil;
- Relacionamento com universidades estrangeiras, designadamente através de intercâmbio de docentes universitários;
- Cooperação no programa de candidaturas à frequência do Curso de Altos Estudos Europeus de Panthéon-Sorbonne.
O envolvimento do Instituto Europeu no apoio e na promoção da investigação sobre assuntos jurídicos, económicos, políticos e históricos da integração europeia tem vindo a crescer e tem-se traduzido, nomeadamente, pela produção de trabalhos de análise como objeto de estudo por equipas de docentes da Faculdade e outras pessoas qualificadas e pela edição de publicações especializadas.
Os progressos da integração europeia tornam necessário um esforço acrescido em matéria de cooperação universitária, no ensino e na investigação, congregando, se possível, os dois lados do Atlântico, o que norteia, pois, toda a atuação do Instituto Europeu, que se orientará cada vez mais para a oferta de formação envolvendo ligações diversas a outras instituições universitárias de primeiro plano fora do país e permitindo ou facilitando também aos alunos e formandos do Instituto a participação em programas académicos desenvolvidos num quadro de cooperação ou parceria com diversas universidades europeias.